三门峡水库被废弃的原因有水患严重、粮食减产、新库代替，它担负着黄河下游的防洪、防凌的重任，但是为了发电蓄水位常年居高不下，渭河流域水患频烦，淹没大量的良田粮食减产，后来建立了新的水利设施代替使用，它就被废弃了。
1、水患严重
三峡门水库是黄河的第一个大型水利枢纽工程，担负着黄河下游防洪、防凌的重任，但是三峡门水库为了发电蓄水位常年保持较高的水平，这使得它的上游也就是陕西的渭河流域河床抬高，一发洪水就会出现冲突地被的情况，水患频繁。
2、粮食减产
三峡门水库附近的关中平原有粮仓的美誉，水库投入使用后渭河流域淤积了大量的泥沙，河床不断地抬高淹没大片的良田，关中平原的地下水也无法排泄，田地出现沼泽化和盐碱化，粮食因此而大量的减产难以缓解，水土流失有增无减。
3、新库代替
三峡门水库的功能和作用减小，给黄河流域尤其是为河流域带来巨大的损失，水土流失严重、土地盐碱化、粮食大量减产、水患频繁等，造成渭河平原的人民背井离乡，损失大量的人力物力，继续调整使用不如新建水利设施效果好。
